Kahta DNA-ketjua vertaillessa voidaan käyttää menetelmää nimeltä "muokkausetäisyys". Muokkausetäisyys on pienin määrä tarvittavia kirjainten vaihto-, lisäys- ja poisto-operaatioita DNA-ketjun muuttamiseksi toiseksi DNA-ketjuksi. Kaksi DNA-ketjua ovat sitä samanlaisempia, mitä pienempi muokkausetäisyys niiden välillä on.

Esimerkiksi seuraavilla ketjuilla muokkausetäisyys on 3, koska toinen kirjain on muutettu G:stä C:ksi, kuudes kirjain on poistettu ja A on lisätty kahdeksanneksi kirjaimeksi. 3 on myös pienin mahdollinen operaatioiden lukumäärä, jolla ketjut saa samanlaisiksi.

AGTCTCATG
ACTCTATAG

Laske seuraavien DNA-ketjujen muokkausetäisyys:

TACTGGTTTATTCT
ACCTGTTTATTGGT